Миколаївський зоопарк був заснований в 1901 році на базі приватного живого куточка природи, в якому містилося кілька видів риб, саламандри, крокодил і папуги. У 1918 році цей куточок, розширився за площею і збільшив видовий склад тварин порівняно з початковим, отримав назву Державного акваріума. У 1922 році він був перейменований в Миколаївський зоологічний сад. У роки Великої Вітчизняної війни був зруйнований, відновлений до 1948 році і перейменований в зоологічний парк.До 1977 року цей зоопарк розташовувався на невеликій площі, всього лише близько 1 гектара, в центрі міста, що заважало його подальшого розвитку і створювало незручність міському господарству.
У 1977 - 1978 роках цей зоопарк був ліквідований і побудований новий на площі близько 20 гектарів, також в центральній частині міста, з перспективою організації на цій ділянці, окрім зоопарку, ще і ботанічного саду. Створення в Миколаєві зооботанического саду передбачено генеральним планом розвитку цього обласного центру України.
На новій території зоопарку побудовані будівлі для утримання диких тварин з урахуванням новітніх досягнень зоотехнічної науки, з дотриманням основних ветеринарно-санітарних правил та з урахуванням біологічних особливостей тих тварин, для яких будівлі призначені. Заслуговує уваги величезний пташник площею оглядового залу більше 300 квадратних метрів, будівля для слонів і бегемотів споруджено за типом аналогічного будівлі, існуючого в Магдебурзькому зоопарку (НДР). Побудований також острів звірів для утримання великих хижаків з великими вигулу та інші споруди.
